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进藤光是一名六年级的小学生。一天，小光去爷爷家寻宝，想赚点零花钱。没想到，他不小心翻出了一个旧棋盘。在他触摸棋盘的那一刻，平安时代的天才棋手藤原佐为的灵魂进入了小光的身体。佐为视围棋为生命，在他的影响下，小光逐渐对围棋产生了兴趣。
小光在围棋课上听说围棋爱好者经常光顾围棋俱乐部，于是他带佐为去下棋。在这里，他遇到了著名棋手的儿子塔矢亮。为了测试佐为的实力，小光贸然与塔矢亮交手，结果小胜对手。他不知道塔矢亮的身份，还误以为佐为的棋艺很正常，这让他深感不满。然而，塔矢亮受到了打击和挫折。几天后，塔矢亮再次挑战小光。尽管他对小光轻视围棋非常生气，但他还是再次被佐为打败了。塔矢亮屡屡受挫，内心更加沮丧。
在朋友的邀请下，小光去了夜来中学参加庆祝活动。会上，他破解了围棋系的问答，认识了棋手加贺。加贺发现小光的棋艺高超，于是拉拢他参加初中校际围棋比赛。在团体赛的决赛中，小光用佐为的力量击败了敌人。结果，叶来中学击败了久负盛名的海王中学，获得了冠军。不幸的是，据透露，小光还是一名小学生，所以他被取消了比赛资格。
不久后，小光进入初中，并加入了学校的围棋部门。尽管围棋部门只有塔奈和小光两名成员，但小光决心独自参加下一届围棋比赛，并积极四处奔走，为围棋部门吸引成员。与此同时，塔矢亮被海王星中学录取。为了与小光一较高下，他专程到耶色中学去挑战。然而，小光知道他不是塔矢亮的对手，断然拒绝了挑战。塔矢亮得知小光即将参加校际围棋比赛。为了和小光一较高下，他毫不犹豫地加入了海王中学的围棋班。但是，塔矢亮的棋艺高超，不亚于一个职业棋手，他的到来让学校的围棋系紧张起来。
小光发现三顾在同年级的棋艺出众，于是主动邀请三顾加入围棋部门。可惜三姑经常在围棋社和大人赌钱，骗钱。小光想阻止三顾胡作非为，但三顾被对手用同样的欺骗手段打败，被骗走了1万日元。在佐为的帮助下，小光成功地帮助三姑夺回了被骗的赌资。在小光的不懈努力下，三姑终于被他真诚的热情所感动，同意参加校际围棋团体赛。塔矢亮吃了海王中学围棋部老成员的苦头，但他仍坚持与小光比赛。他听老师说，小光将是野色中学在团体赛中的最后一名大将，他会毫不犹豫地退出围棋部门，以换取成为海王中学最后一名大将的机会。
围棋比赛，三顾成为主教练，带领野色中学过关斩将，再次对阵海王中学。小光第三次面对塔矢亮。他想靠自己的力量比赛，但他意外地得知塔矢亮犹豫是否不惜任何代价与佐为比赛，所以他仍然将比赛委托给佐为。游戏开始后不久，小光突然灵机一动，想出了一个精彩的棋局。他决定亲自与塔矢亮比赛，以了解自己与对手之间的差距。但由于等级差距悬殊，结果以惨败告终。谷盖和三也不敌对手，叶色中学第二轮被淘汰。塔矢亮对小光的实力非常失望，决定参加职业象棋考试。
暑假来了，刚学会网上围棋的小光，为了帮找个对手，在网上用“赛”这个化名到处挑战。他打败了很多海外围棋高手，让赛的名声不胫而走。不久后，国际业余围棋锦标赛在日本举行，参赛选手询问神秘的网上高手赛的真实身份，在赛场上引起轩然大波。塔矢亮参加了比赛并了解了sai的存在。他向赛挑战，但惊讶地发现赛的技术和小光的一模一样。为了不影响比赛，塔矢亮果断中途投降，要求改天再战。
在职业象棋考试的第一天，塔矢亮毫不犹豫地放弃了当天的比赛，并按照承诺与赛开始了一场比赛。虽然他一步一步地全力以赴，但佐为的棋艺高超，他又输了。塔矢亮怀疑赛的真实身份是小光，并听说有人在网吧见过小光，所以他急忙确认。碰巧小光正在浏览网页。他否认曾在网上下过棋，建议塔矢亮不要追逐佐为的幻觉，并正式向他挑战，但塔矢亮对此不屑一顾。
小光在学校围棋部门的棋艺与日俱增。有一天，他遇到了海王中学围棋系主任岸本。岸本告诉小光，塔矢亮已经通过了职业象棋考试，如果他不迎头赶上，将永远无法超越对手。岸本的话唤醒了小光。为了提高棋艺，他决定考日本棋院研究生。然而，小光忘记了一旦他成为大学生，他就不能参加业余比赛，这引起了三顾的不满。最后，在棋院院长加贺的建议下，小光同时与加贺、谷贵和三谷对弈，结果是2胜1负，充分展示了自己的实力。他告别了围棋部门，走向了新的起点。
高考那天，由于紧张，小光没能发挥出自己的理想水平。但是当考官得知他只学了一年的围棋，进步之快让他非常惊讶，从小光一敌三的棋谱中发现他有过人的素质，于是破例给了他一个及格。当小光跟随老师参观学生的教室时，他无意中透露出塔矢亮曾经把自己当成竞争对手，这引起了大家的警惕。但很快，就和顾、等人成了朋友，融入了新的环境。
至此，塔矢亮已经正式晋升到早期阶段。他听说小光成了大学生，心中再次燃起高昂的斗志，决定把小光远远抛在身后。在与皇位的例行角逐中，为了向小光展示两人的实力差距，他面对比自己强大的对手无所畏惧，挺身而出，锋芒毕露，使得皇位之争陷入苦战。虽然最后输给了对手，但是给大家留下了深刻的印象。
一年一度的幼狮大战即将到来，这是一场年轻棋手和大学生之间的冠军赛。为了再次与塔矢亮竞争，大学生第二组倒数第一的小光必须在三个月内晋升到16组。他加入了河谷老师森九段的围棋研习班，努力学习棋艺。但在大学生培训班上屡战屡败，排名徘徊不前。佐为提醒小光不要在游戏中胆怯，而是要勇敢前进。小光克服了心理障碍，地位逐渐提高，排名稳步上升。终于如愿以偿的拿到了幼狮赛的参赛资格。小光非常清楚，只有通过第一轮资格赛，他才能对阵塔矢亮。在游戏中，他巧妙地把恶手变成了巧手，对手陷入了苦战。尽管象棋错过了一步，没能晋级，但小光真切地感受到了自己的成长。塔矢亮还从残局中发现，小光的实力已今非昔比。
参加职业棋手考试是大学生的第一目标。焦毅、何谷等人在大学生中名列前茅，可以免试参加正式考试，但小光仍然要突破预赛的难度。因为太紧张，他前两局连输，但后来状态逐渐恢复。最后一局不战而胜，以3胜2负的成绩通过了预赛。为了帮助小光积累经验，河谷等人组队去各个围棋俱乐部挑战并击败了很多业余高手，这让小光受益匪浅。
在正式的检查中，小光恢复了他以前的冷静，他冷静地作出了反应。经过十多轮比赛，他的成绩一直位居前列。然而，职业棋手只有三人，激烈的决战在积分排名第一的岳志、焦毅、何谷和小光四人之间展开。由于保持不败纪录的焦毅无意在比赛中犯规，小光违心地得了1分。焦毅情绪低落，连续输了两轮，但在与岳志的比赛中，他重燃斗志，击败了对手，使得局势更加扑朔迷离。为了了解小光的实力，塔矢亮帮助月氏展开了特殊的训练。出乎意料的是，小光在比赛中突然袭击，打乱了月之的状态，击败了对手。最终，小光出人意料地以优异的成绩通过了职业棋手考试。
小光没想到他第一次职业比赛的对手是塔矢亮。他满怀期望来到体育场，但塔矢亮未能参加比赛，因为泰亚名人卧病在床。小光去医院看望泰亚名流。为了满足佐为的愿望，他要求名人和赛在网上摊牌。名人同意了小光的挑战，并在互联网上与佐为展开了一场空洞而永无止境的战斗。棋逢对手，两个人势均力敌。最后，佐为赢了中局，实现了他的夙愿。
佐为已经发现他在地球上的时间不多了。他没有告诉小光，而是默默地守护着小光的成长。一天，小光突然发现整天与他形影不离的佐为不见了。他到处寻找佐为，追随本义方秀策的脚步，走遍了全国，却还是找不到佐为的下落。小光失去了理智，决定不再下棋，每天等待佐为的归来。这时，焦毅从中国棋院回到日本，来到小光访问。他一再要求和小光比赛，最后终于打动了小光。小光手里拿着一枚棋子，突然他情不自禁地大哭起来。他突然明白了一切。原来，佐为已经融入了他的心里。为了佐为和他自己，他决心奉献自己的一生去。
离开几个月后，小光重返职业国际象棋界。他兴高采烈，捷报频传，再次与塔矢亮交锋。虽然第一次世界大战仍然失败了，但塔矢亮清楚地从小光看到了佐为的身影。