数码宝贝合体战争的本作特色
◆第一期 &邪恶的死亡指挥官与七个王国
●相对于前几作以进化为强化能力主轴，本作则以合体作为主轴，更因此数码兽之间等级完全消失，也没有所谓「伙伴数码兽」的设定。直至数码兽合体战争 ～邪恶的死亡指挥官与七个王国～，即第30话后重现进化形态，但由于本作设定了数码兽没有等级的关系，因此其所谓「超进化」和合体并没有本质上的差异，后来才设定「超进化」目的只是挽救本系列的旧观众对本作的支持与期待。
●由于本作主题为「合体战争」，在每一话内容都涉及大量数码兽的势力混战，然而东映在本部作品投放的资源和制作费有限，所以配音演员们通常都需要一人担当最少3～4个的配音角色。以配音演员桑岛法子为例，除了是天野音音的配音角色，还有担当萌萌兽、莉莉斯兽、户张莲总***4个不同的声音演出。除此之外，一些数码兽配角更来自名气偶像或组合，如AKB48的成员河西智美担当巴斯迪兽的配音角色，因此本作中邀请的大都是经验充足而且知名度极高的配音演员班底。
●由「邪恶的死亡指挥官与七个王国」开始，播放时间更改为清晨6时30分，每话的播放长度亦由第1期的22分钟延长至23分25秒，加长时间的总数为1分25秒。主要变化是稳定了每话的开场白（30秒）和主题歌（1分20秒）的时间，因为播放第1期的时候，某些话数曾因为剧情紧迫而删除开场白，直接进入主题歌画面；其次是加长结尾时段播放的数码旋律和显示器兽对各种数码兽的吐槽。
●系列构成的三条陆曾经在2011年4月份接受访问中表示本作预定全50话，因为第2期更改播放时间的关系，脚本能够有延长数集的空间。但是在2011年8月份播放第2期将近结局篇之际，连载本作动画的Vジャンプ（集英社）在杂志上刊登由2011年10月2日起，将会播放本作第55话的新系列 - 《穿越时空的少年猎人们》，而原本第54话最终回则成为第2期阶段性结局完满结束。
◆穿越时空的少年猎人们
●本篇章的开始，意味着数码兽系列自1999年开播以来，脚本首次多於54话的长篇故事，打破所有历代系列作的纪录。原因是系列构成的三条陆制作脚本接近第2期最终回的时候，本作当时其中一位导演贝泽幸男建议展开故事的第3个阶段，提出「猎人」、「数码晶界」等字眼并制定全新的世界观。经过制作人和企画部门同意後，在三条陆充份利用第2期的故事流程下，及参考贝泽幸男相关的字眼，於三个星期内决定第1话的初稿，贝泽幸男因而成为本篇章的系列监督。
●而根据三条陆在《Otona动漫杂志》的访问中透露：「原定合体战争全54话，《穿越时空的少年猎人们》是突然决定制作的，因此由企划直至第1话（55话）的脚本，都是贝泽幸男领导整个制作团队下仓猝完成。」。而本作是电视版制作途中首次更换系列监督，贝泽幸男是参与多部历代系列作品的资深导演，更是主导前作「数码兽驯兽师」、「数码兽无限地带」的系列监督而被受好评，更因此本篇章的主题歌画面镜头与第三作「数码兽驯兽师」的风格非常相似，不过此情况并没有带来太多负面回应，反而得到本系列的旧观众重拾当年收看数码兽的感动和支持，为本篇章带来正面评价的新开始。
●本篇章以日常篇的狩猎数码兽故事作为主线内容，三条陆希望这次能够回归系列主题的原点，以日常生活的桥段让故事逐步深入拓展，到最後发展成大规模战争的故事。并强调以「邪恶的死亡指挥官与七个王国」的超进化作为主轴，合体则作为能力提升的辅助要素，限制猎人使用Xros Loader（相等於前作的暴龙机）的合体功能，每次最多只能够跟另一个数码兽维持於X2的状态。如需要突破X2的话，则要将多馀的数码兽转交另一个使用Xros Loader的猎人手中进行Double-Xros（双重合体），才可以出现X2或以上的数码兽角色战斗。
●另外，本篇章在主题歌的开头片段内出现向原作致敬的标志，及後才显示本篇章的标题；而系列的男主角在主题歌内通常会站在中间位置，但是在本篇章内，首次将中间位置由明石激取代前两篇的工藤大器，而工藤大器则站在明石激左边，证明本篇章的焦点落入明石激当中。
●三条陆在访问中表示，本篇章特意选择一些目.前动画还没登场过的数码兽出场。另外，本篇章亦经常与观众有较多的互动，其中包括播放第二期期间，举办名为「原创数码兽大募集」的活动，收集小朋友创作的原创数码兽。活动结束後，由主角工藤大器於第50话中代表制作组致以感谢，并选出五个最好的作品在节目中介绍。及後部分得奖作品於本篇章动画中登场，包括第62话的金钱兽、第72话的绘师兽、第75话的枕头兽、纸箱兽、烤薯兽、鬼牌兽等等。
◆历代主人公登场
●本作的系列构成——三条陆为漫画家出身，过往擅长描写虚构世界、被喻为有能力将多方面势力混战统一为主要战线的优秀漫画家，近年被东映株式会社邀请成为动漫脚本家，2009年主导特摄系列《假面骑士W》.以欢乐气氛的脚本风格带出沉重主题、勇於设定创新的故事元素等，迅速使三条陆广为人熟悉和获得观众非常高的评价。2010年《假面骑士W》播放结束後，随即成为本作的脚本主导。然而，由第三作《数码兽驯兽师》开始，每部历代系列作的故事内容都是构思各自独立的世界观。而三条陆则勇於打破历代设定的常规，首次将前作主人公代入本篇章故事内容的主题，名为《穿越时空的少年猎人们》。
●在《穿越时空的少年猎人们》制作开始前，三条陆已表示历代主人公不会像《假面骑士DECADE》和《海贼战队豪快者》那种形式出现。
由于历代每部作品的画功会因该作的总作画监督要求而有所不同，而历代主人公在本作中首次出现，因此本话需要统一画功的因素。有见及此，制作组对本话非常严谨，原画职位总***派出16人和包括东映动画在内的四间动画工作室联合制作，大部分都是领衔作画监督职位的原画师绘图，当中有原画师曾经是前作的总作画监督（信実节子）、人物设计（青井小夜）、《数码兽大冒险02》结尾歌的原画绘图师（竹田欣弘），而本话则由本作的总作画监督——浅沼昭弘掌控整体绘图品质。
●第76话的历代角色首次出现对白，配音演员全部都是找回当年担任该角色的配音演员演出，令不少旧观众深受感动。东映动画的制作人樱田博之表示：“对于一直收看《数码兽合体战争》的孩子们来说，将历代的英雄们集结，能对数码兽系列做一个全体的了解，也让他们开始关注数码兽系列。
而藤田淑子（八神太一的配音演员）表示“多年后再次为这部动画演出，她满怀激动的心情走进录音室，看到画面中的太一、看到那时候的角色们，心中充满怀念的思绪。数码兽系列长时间以来所传递的友情、勇气以及心心相连的精神感染着她的内心。还能再度回到这个世界，真的感到十分高兴。”
◆系列动画完结
●2012年2月1日，最先流传有关本作突然完结的信息，是来自日本大型讨论区“2CH”网站的留言，表示本作将会于2012年3月25日完结，并且不会制作第4期。
●2012年2月3日，连载本作动画的‘Vジャンプ’（集英社）刊登杂志标题为“数码兽合体战争- 最终决战迫近”，基本证实了完结的消息。
●2012年2月5日，东映动画的常务取缔役经营战略本部副本部长 - 大山秀徳，举行“东映动画的未来战略”发表会演说，当中表示数码兽系列动画的话数日渐增加，现.在的总话数已经超过310话，他表示最终只会制作到320～325话左右。
●2012年2月7日，东映动画放出有关新番组的官方网页，2012年4月1日早上6时30分将会播放“圣斗士星矢Ω”的新作，确定《穿越时空的少年猎人们》以第79话作为完结。