著名动漫神探柯南的故事分为两部分。
054电子游戏公司谋杀案，柯南在参加满天堂游戏公司新作发布会时，偶然听到黑组织成员之一的龙舌兰酒叫伏特加。然而龙舌兰酒马上就被误杀了。他最初的目的是通过与电子游戏公司的雇员中岛进行交易，获得世界上最有才华的程序员的名单。当柯南迅速赶到中岛经常聚会的酒吧时，发生了爆炸，线索烟消云散。
128黑暗组织10亿元的抢劫案讲述了芦原姐姐宫野明美被琴酒谋杀的故事，为芦原的出现做了铺垫。从金和宫野明美的对话中，我们知道宫野志保是组织中为数不多的有脑子的人，这和她姐姐只是组织小卒不同。
129一个来自黑暗组织的女子大学教授参与了这起谋杀案。宫野志保，其组织代码是雪莉，抗议她的姐姐被杀害，以阻止对APTX4869的研究，并被囚禁在毒气室。绝望的她拿着藏起来的APTX4969，想自杀。没想到的是，她和新一一样，没有中毒身体萎缩成小时候的样子，还能从垃圾通道逃出来。因为她已经从一个新家庭的调查中发现心怡变小了，心怡成了她唯一的希望。最后，她倒在了一户新人家的门口，被隔壁的阿笠博士救了出来，住进了医生家。作为转学生，她成了柯南的同学，少年侦探队的一员。柯南和芦原从此卷入了组织调查和反侦察的大戏。
170-171在黑暗的角落里，新出智明的父亲被继母杀害，小五郎在柯南的帮助下破案。乍一看，与主线无关，但随后的剧情表明，这是青山两年来的一大伏笔，也是三方对决前真正的新出智明唯一一次亮相。为了保护无辜的女佣，警方修改了案件的记录，隐瞒了真正的作案手法，只有真正的新人知道，后来被朱迪用来指证贝尔摩是新出智明。此时的新一还只是迪丹高中篮球队的临时教练，并不是校医。新一本来应该在青森的医院工作，而不是当校医。校医应该是苦艾酒冒充新一进行调查。另外值得一提的是，在这一集里，柯南因为新出智明而吃醋。
176-178告别黑暗组织，柯南和芦原偶然发现了GIN停在路边的车，于是柯南在车上安装了发射器和窃听器，以获取组织的信息。虽然他得知黑人组织成员皮斯科将在河口酒店暗杀议员吞口，但窃听器被琴酒发现并销毁，他还将雪莉与留在车内的棕色头发联系起来，对她进行了肯定。柯南和足原潜入宴会阻止暗杀计划，但他们没有时间，足原不幸被皮斯科抓住并绑架囚禁在酒窖里。雪莉从烟囱里逃了出来，回到了灰色平原。皮斯科也来到酒窖杀死了足原，但柯南暴露了自己的身份。结果皮斯科被杜松子酒灭口了，死前还没来得及说出足原= =雪利酒的秘密。在这一集里，我们真的获得了很多信息。通过皮斯科的话，我们真正了解到阿沙拉研究的药并不是纯毒药，她继承了父母的研究。事发后苦艾酒消失，隐居日本。但从她所说的来看，并不清楚她接受了组织寻找灰原的任务，而是想“找出她一直担心的事情:188-193的复活。在这个系列中，味美思的新模仿者成为了迪丹高中和迪丹小学的校医。柯南在吃了足原研制的解药后，短暂变回了新一，装扮成黑骑士去见兰，却被发现是新苦艾酒，并被苦艾酒偷偷拍下，这一点可以从后来朱迪老师复制的照片中得到证明。苦艾酒在这一刻确认了新一没有死，但是因为乔装成足原诚司的柯南当时也在场，所以还没有猜到柯南=新一。有人说这个时候朱迪也在，照片可能是朱迪拍的。那时朱迪在那里。从227格斗游戏(第二部)的陷阱来看，她在舞会上称赞兰的新作“太酷了”，她一定是那天看到的新作。不过当时有意调查新一的苦艾酒除外，拍了一张特别的照片。不知道新一是谁的朱迪怎么会专门给这个素未谋面的男生拍照片呢？所以照片是苦艾酒拍的。
在226-227格斗游戏的陷阱中，朱迪遇到了柯南，并注意到他在花园的帮助下破案。于是，她发现柯南不简单，临走的时候在抄照片的家伙里给柯南抄了苦艾酒的名字。朱迪事后给同伴打电话时，给苦艾酒起了个代号“烂苹果”。但她说她的监视对象“改了身份，在学校”，当时就给了我们。她监视的是柯南的误导。
230-231粉丝，一开始，苦艾酒和杜松子酒之间的一场戏，说明这一集和主线有关。我们不仅得到了苦艾酒善于变脸的信息，还知道了她在日本找谁。她的口头禅是秘密让女人成为女人。少年侦探队和医生在公交车上遇到了一起去美术馆的朱迪和辛楚。这时，我感觉到车上有组织的成员变得非常害怕。后来，大巴被劫匪劫持。虽然在大家的努力下终于抓到了劫匪，但艾还是留在了快要爆炸的公交车上，想死。最后被柯南救了。朱迪和阿凯在看苦艾酒，不过还好在柯南的掩护下，朱迪和阿凯都没有发现艾。这一集也是赤井秀一第一次正式亮相，但他用假感冒蒙住了脸，而足原因为柯南的保护没有露脸，所以两人都没有找到对方。当穿制服的强盗问朱迪她到底是谁时，她甚至说“秘密使女人成为女人”！朱迪的真实身份是苦艾酒吗？在这一集里，足原的感觉带领我们找到了三个嫌疑人，朱蒂、赤井和信吾。另外值得一提的是，味美思在车上为柯南辩护。少年侦缉队在车上说，他们很感激新医生前几天帮他们体检，但阿沙拉缺席了。在这一集的开始，味美思发现他的诊所在美国联邦调查局的监视之下，他也知道他化妆的假新身份已经被美国联邦调查局知道了。因此，她开始采取一系列措施来误导和利用美国联邦调查局。首先，她故意偷走了所有与毛利人有关的文件，这些文件可以在269-270犯罪纪念品中得知。
258-259一个来自芝加哥的人，美国联邦调查局的头，出现了。柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”。后来被误认为名人，被绑架了。事实上，他是在玩游戏，并尝试柯南的技能。柯南破解了熊猫车的密码，救出了布莱克。最后布莱克甚至称柯南为酷哥，可见他和朱迪是一伙的。赤井在接布莱克的时候说自己被爱人甩了，所以把头发剪短了。PS:在这一集里，赤井的长发和他点一支烟的样子甚至让人怀疑他和琴酒是同一个人！赤井在开车的时候被柯南和足原看了一眼，足原有了奇怪的反应。柯南说布莱克先生不是坏人，但他担心詹姆斯这个名字与莫利亚教授的名字相同，他怀疑赤井。
情人节的真相266年到268年，有人看到京极真戴着黑色针织帽，柯南以为是赤井，非常紧张。小兰说她可能认识这个戴黑色针织帽的男人，这引起了柯南的注意。
269-270，犯罪的纪念品，从高木那里得知，在巴士劫持的当天，毛利小五郎的相关档案被盗，然后发回，暗示有人在调查他们，这让柯南相当紧张。故事结尾有一张赤井监视毛利侦探社的图片，说明美国联邦调查局确实把目光投向了毛利，但是给人一种赤井在监视柯南的错觉。而柯南想问兰关于那个戴黑针织帽的人，最后也没说出来。
271-272匆忙掩饰疏忽，柯南再次在朱迪面前破案。从朱迪警告说兰没有被跟踪来看，案卷失窃引起了的警觉，朱迪怀疑这个黑人组织会对毛利人不利。在她的对话中，朱迪用鸵鸟这个词来形容柯南的孩子们拥有成年人的智慧，并提到bureaus代表美国联邦调查局。在这一集的最后，朱迪说是时候收获苹果了，暗示美国联邦调查局将对苦艾酒采取行动。苦艾酒给金酒发了邮件，提到了“藏了很久”的雪利酒，给的十字绣照片发了飞镖，还有柯南和兰的照片。
277-278英语老师VS西方某著名侦探。医生得知毛利小五郎的相关档案被盗后送回，于是邀请平姬帮助柯南。他们分析偷案卷的人是一个引诱人出来的陷阱，然后柯南回顾了皮斯科的案子，怀疑克里斯是他的帮凶，进一步怀疑朱迪=克里斯。虽然他们看起来完全不同，但柯南知道克里斯擅长化妆。于是他们去朱迪的公寓探查，让医生在网上调查克里斯的信息。双方接触过程中发生了一起命案。虽然案子破了，但是对朱迪的诱惑没有成功。这一集的重点是柯南、兰和新一在舞会上最后出现在朱迪浴室镜子后面的照片，照片上的字迹和味美思的一模一样。据后来的叙述，这是朱迪潜入新医院发现相关照片后复制的。但是这些照片当时的样子显然误导了我们很多，她最喜欢喝雪利酒的暗示更是雪上加霜。另外，柯南最后说，除了朱迪，另外两个可疑人物应该是赤井和信吾。
279-280迷宫的黑暗，在柯南的要求下，医生查看了克里斯网站上的信息，发现她是已故美国明星莎伦·宾亚德的女儿。她第一次面对媒体是在她母亲的葬礼上。面对记者的追问，克里斯神秘地回答:秘密让女人变得女人。此外，这位日本前超人气女明星也出现在了莎朗的葬礼上，从画面上看是Hiko。
284-285似曾相识中华街上的雨，
286-288纽约事件，继蓝回忆的“戴黑针织帽的人”之后，又叙述了蓝发高烧时的金苹果事件。他还讲述了心怡与兰、莎伦的第一次相遇，以及他们对银发杀手的救命之恩。最后提到真凶其实是被别人灭口的。后来才知道，假凶手是苦艾酒演的。这个计划原本是要把一休引出来杀掉，但是没有成功。
309-311与黑暗组织有联系。在案件开始的时候，柯南和兰认识了。在交谈中，赤井提到了一个表面坚强的女生，暗自落泪。有人提到，很难理解赤井说兰“经常”哭。其实这是因为赤井曾经监视过毛利侦探社，所以多次看到兰偷偷哭泣。此外，柯南还得知了兰与赤井的相遇，并得知了赤井饰演的的身份，这大大减少了赤井的怀疑。通过看板仓的日记，我知道黑组织委托他开发一个对人类有害的软件，但他最终没有完成。柯南诱骗伏特加更改交易时间，试图伪装成板仓和伏特加的接头，以此获取他的指纹和行踪信息。没想到，就在他快要成功的时候，因为杜松子酒的突然出现而功亏一篑。柯南差点被发现，最后躲在储物柜里侥幸逃脱。当柯南和艾最后离开的时候，赤井和艾在附近似乎互相有了感情。
335-336杜东开发院的秘密是Hiko回到日本，带着侦探队去杜东开发院看电影。在路上，习字和柯南发现他们被跟踪了。柯南认为跟踪者要么是冲着他来的，要么是冲着灰原来的，很可能是黑组织的人。其实后来才知道，赤井的人在看柯南等人。末了，赤井还拍了少年侦探队的照片，看了看说太像了，这说明美国联邦调查局被苦艾酒困住了，帮她找了小一点的雪利酒。但当时就让人觉得赤井可疑。
338-339 4保时捷，柯南奇怪的一开始就骗医生说新车不在家。他为什么不诚实地告诉医生他对新车的疑虑？但是后来，这位不知名的医生还是找到了一位新医生来看萧艾。苦艾酒冒充新医生正式确认Ai就是雪莉，在医生家里装了窃听器，但是朱迪也在场，所以当时我们把所有的疑点都加到了朱迪身上。末了，苦艾酒冷笑着用打火机点着了雪莉的照片，得意地自言自语道:“给你...你准备好了吗？我来找你了！”苦艾酒准备采取行动了。好像要下雨了。
340-341藏在厕所里的秘密柯南、足原和博士来到足原父亲宫野博士工作的办公室，想得到一些关于黑组织的信息和足原父母的下落。结果，他们在厕所里发现了宫野明美母亲留下的带子。这一集揭示了很多。开头柯南说“如果我的推理正确，我们应该早就死了”，证明他已经知道克里斯在假扮新电影，阿莎拉和他的身份已经暴露，只是他不知道她为什么还不采取行动。足原找到了明美藏起来的带子，妈妈的脸浮出了水面，由此而来的是“地狱角”。18生日结束时她妈妈留下的话里应该提到了一件很神奇的事，但是青山没有解释。末了，苦艾酒一边从机场出来一边讲电话。从对话中，我们得知她找到了一个叫卡尔瓦多斯省(苹果酒)的组织成员，这似乎是她下一步行动的重要部署。另外，值得一提的是，在阿沙拉的梦里，青山已经给出了苦艾酒装扮成谁的暗示。如果他的眼睛没有问题，他一定会发现的。
在便利店343-344的剧情中，柯南发现了有人来工藤屋的痕迹，而且不是小兰。朱迪老师突然辞去了在迪丹高中的英语老师的工作，说她想回美国。在欢送会上，小兰无意中在朱迪浴室的镜子后面发现了朱迪与柯南、阿沙拉等人的隐藏照片，不禁产生了怀疑。这也促使她在下一集偷偷躲在朱迪的后备箱里，去寻找自己真正想做的事情。
345与黑组织对抗月圆之夜的二元推理。柯南收到了一封来自苦艾酒的信，邀请新一参加化妆舞会，称之为江户川柯南！柯南知道自己的身份暴露了，决定采取行动。他一方面邀请服部哲假扮新一参加化妆舞会，另一方面用麻醉针麻醉阿沙拉，假扮成她为自己的组织做准备。来接他的不是苦艾酒的假新人，而是朱迪！原来，美国联邦调查局也有自己的计划。他们要一步一步把味美思带离灰色平原，引诱味美思跟着他去码头，然后逮捕朱迪。柯南在车内表明了美国联邦调查局的身份后，告诉她一个新案件的真相(170-171)，并让她用它来揭发苦艾酒，以取得她的信任。朱迪暴露了苦艾酒既是克里斯·宾亚德又是莎伦·宾亚德，但当她叫她的同伴去逮捕苦艾酒时，她被埋伏的卡尔瓦多斯省打伤了。原来苦艾酒更擅长下棋。她很久以前就知道了美国联邦调查局的逮捕计划，事先装扮成朱迪来到码头命令埋伏的美国联邦调查局特工撤退。此外，味美思早就知道美国联邦调查局在监视这家新诊所。偷案卷是为了引诱美国联邦调查局暴露身份，贴宫野志保的照片是为了利用美国联邦调查局寻找目标。就在朱迪处境危险的时候，另一边的化妆部门在舞会上破案，扯下了伪装。柯南还撕下面具，用麻醉针控制了苦艾酒。柯南的策划终于笑到了最后。但就在这个时候，情况突然发生了变化，担心柯南安危的阿沙拉突然用备用追踪眼镜发现了它，破坏了柯南的伟大计划。味美思趁机用麻醉针射杀柯南，并将手枪对准了阿沙拉！就在局面失控的时候，小兰突然从朱迪的汽车后备箱里跳出来保护灰原，阿凯也及时出现，逼迫苦艾酒挟持柯南，逃离被告席。就在味美思给BOSS发邮件报告的时候，他突然发现柯南有个发射器。原来柯南留了一手。他已经预料到当他找到阿修罗时，苦艾酒会向老板报告。苦艾酒不得不承认放弃了雪利酒。为了避免暴露BOSS的邮箱地址和身份，味美思不得不使用催眠气体，并开枪自杀以保持清醒。在破坏了发射器后，他惊慌地逃离了现场。
425黑撞击！在被组织魔爪触碰的瞬间，柯南通过忘记找回bug，发现了惊人的秘密！原来，电视主持人水无怜奈也是黑人组织的成员。柯南偷听了她和金的暗杀计划，并成功阻止了他们。不料琴酒发现水里有一只没有脚掌的虫子，而小五郎却被他们怀疑，有生命危险。幸运的是，秀吉及时出现，打伤了金酒，并把窃听器放到了美国联邦调查局上。苦艾酒也再次保护了毛利等人。代号为KIR的水无怜奈在手术中受伤昏迷，被美国联邦调查局送往Cuphouse中心医院控制。此外，柯南得知布莱克也和美国联邦调查局在一起。
429-430回不到以前的两个人了。小兰的倒霉蛋同学应友出现在这个大厅里，眼神和水的不太像。他好像注意到柯南是通过毛利语破案的，这让柯南感到很不安，怀疑这个大厅的身份。
462黑组织的阴影，一个年轻的目击者，一个孩子目击了一个歌手被人从桥上扔下来。这个大厅用了和水一样的脉冲测谎仪，引起了柯南的怀疑。
463.黑色组织的阴影被奇怪地照亮了。我们几次试图提醒毛利人和其他人缺水，以获取信息，但柯南看到了，改变了话题。
464黑组织神秘阴影重赏。这个大厅故意引诱毛利人注意到发生在一个孩子家里的奇怪事件。这个孩子目睹了水无怜奈受伤。他说，他的母亲在去世前曾与陌生的外国女子交谈，并打听水无怜奈的下落。
465.黑衣组织的影子珍珠流星，当孩子正要说从摩托车上摔下来的是主持人水无怜奈时，柯南及时用一个蒙面超人转移了话题。柯南通过外国女性对孩子的回答“分泌者使女人成为女人”，推断这个女人是苦艾酒。另外，金在本期节目中所说的水没有得到老板信任的事情，也说明她与一个叫的卧底之死有很大关系。
服部哲调查484-485的黑照下落无果，却意外查出了唐唐和他父亲在大阪的生活状况，因为英佑小时候曾经和父亲一起去过大阪的烧烤屋，他父亲和店长很合得来。然而，商店经理已经去世了，所以柯南，阿笠博士和足原决定去拜访住在东京的商店经理的孙子的房子，希望从他那里获得一些关于这个大厅和他父亲的信息。没想到的是，这位模型爱好者西郡的家中发生了一起盗窃案。成功解决后，柯南终于无意间看到了应佑拍摄的照片，并在照片中见到了应佑的父亲，得知应佑的父亲经常穿着黑色西装与外国人打交道，并在公司(=CIA)工作，还一度进入了黑组织。